Added biological process info to the small smokers example, and a README file to
explain the dataset, at least the non-trivial parts.
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3dc1867be4
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0eff457910
7
data/smokers-small/README
Normal file
7
data/smokers-small/README
Normal file
@ -0,0 +1,7 @@
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smoker_example_go_bp.txt
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------------------------
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Mapping of entrez GeneIDs to GO terms in the biological process namespace.
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The first column is the GeneID, and the rest of the columns are individual
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GO terms that are assigned to that gene.
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125
data/smokers-small/smoker_example_go_bp.txt
Normal file
125
data/smokers-small/smoker_example_go_bp.txt
Normal file
@ -0,0 +1,125 @@
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||||
218 GO:0006081 GO:0006081 GO:0006118 GO:0008152
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3417 GO:0005975 GO:0006092 GO:0006097 GO:0006099 GO:0006102 GO:0008152
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||||
131 GO:0006069 GO:0006118
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2597 GO:0006006 GO:0006096 GO:0006096 GO:0007154 GO:0006413 GO:0006006 GO:0006096 GO:0006096 GO:0007154 GO:0006413 GO:0006006 GO:0006096 GO:0006096 GO:0007154 GO:0006413 GO:0006006 GO:0006096 GO:0006096 GO:0006006 GO:0006096 GO:0006096 GO:0006006 GO:0006096 GO:0006096
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3418 GO:0005975 GO:0006092 GO:0006097 GO:0006099 GO:0008152 GO:0008152 GO:0005975 GO:0006092 GO:0006097 GO:0006099 GO:0008152 GO:0008152
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||||
3419 GO:0005975 GO:0006099 GO:0008152 GO:0005975 GO:0006099 GO:0008152
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2524 GO:0005975 GO:0006486 GO:0006486 GO:0042355 GO:0005975 GO:0005975 GO:0006486 GO:0006486 GO:0042355 GO:0005975
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||||
4144 GO:0006730 GO:0006730
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9836
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4907 GO:0006259 GO:0009166
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2952 GO:0006950
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27163
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10588 GO:0008152 GO:0015942 GO:0008152 GO:0015942
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80025 GO:0015937
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||||
114049
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126 GO:0006066 GO:0006069 GO:0006066 GO:0006069
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6715 GO:0007267 GO:0007530 GO:0007548 GO:0030154 GO:0007267 GO:0007530 GO:0007548 GO:0030154 GO:0007267 GO:0007530 GO:0007548 GO:0030154
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||||
132 GO:0006166 GO:0009156 GO:0006166 GO:0009156
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||||
2990 GO:0005975 GO:0006027 GO:0005975 GO:0030203
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3035 GO:0006412 GO:0006427 GO:0006412 GO:0006418
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56922 GO:0006552 GO:0006768 GO:0008152
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6652 GO:0006060 GO:0007601 GO:0006060 GO:0007601
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||||
3032 GO:0006629 GO:0006631 GO:0006635
|
||||
3033 GO:0006629 GO:0006631 GO:0006629 GO:0006631 GO:0006629 GO:0006631
|
||||
8704 GO:0005975
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||||
1384 GO:0006629 GO:0006637 GO:0006810 GO:0015980 GO:0006631 GO:0006091 GO:0006629 GO:0006637 GO:0006810 GO:0015980 GO:0006631 GO:0006091
|
||||
55229 GO:0015937
|
||||
51071 GO:0009264
|
||||
4329 GO:0006220 GO:0006573 GO:0006573 GO:0008152 GO:0019859 GO:0006573 GO:0006220 GO:0006573 GO:0006573 GO:0008152 GO:0019859 GO:0006573 GO:0006220 GO:0006573 GO:0006573 GO:0008152 GO:0019859 GO:0006573 GO:0006220 GO:0006573 GO:0006573 GO:0008152 GO:0019859 GO:0006573 GO:0006220 GO:0006573 GO:0006573 GO:0008152 GO:0019859 GO:0006573
|
||||
587 GO:0008152 GO:0009082 GO:0008652 GO:0009081 GO:0009082 GO:0008152 GO:0009082 GO:0008652 GO:0009081 GO:0009082
|
||||
191 GO:0006730 GO:0006730
|
||||
4522 GO:0000105 GO:0006164 GO:0006730 GO:0008652 GO:0009086 GO:0009396
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||||
115 GO:0006171 GO:0007242 GO:0009190 GO:0007165 GO:0006171 GO:0007242 GO:0009190 GO:0007165 GO:0006171 GO:0007242 GO:0009190 GO:0007165
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||||
65985 GO:0008152 GO:0008299
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||||
1486 GO:0005975 GO:0006032 GO:0007165 GO:0007186 GO:0007165 GO:0005975 GO:0006032 GO:0007165 GO:0007186 GO:0007165
|
||||
27430 GO:0006556 GO:0006556 GO:0045226
|
||||
4200 GO:0006108 GO:0006108 GO:0006468 GO:0007165 GO:0007242 GO:0006108
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||||
9380 GO:0006118 GO:0006564 GO:0007588 GO:0008152 GO:0008152 GO:0006118 GO:0006564 GO:0007588 GO:0008152 GO:0008152 GO:0006118 GO:0006564 GO:0007588 GO:0008152 GO:0008152
|
||||
1716 GO:0006139 GO:0008617 GO:0006139 GO:0008617
|
||||
3028 GO:0006629 GO:0008152
|
||||
1718 GO:0006118 GO:0006695 GO:0006695 GO:0006915 GO:0006916 GO:0006979 GO:0007050 GO:0009888 GO:0043154 GO:0043526 GO:0043588 GO:0006694 GO:0006695 GO:0008610 GO:0016126
|
||||
2987 GO:0006183 GO:0000723 GO:0007004 GO:0006183
|
||||
5096 GO:0009062
|
||||
3157 GO:0006084 GO:0006629 GO:0006695 GO:0006694 GO:0008610 GO:0016126 GO:0006084 GO:0006629 GO:0006695 GO:0006694 GO:0008610 GO:0016126
|
||||
2752 GO:0001505 GO:0006542 GO:0006807 GO:0006542 GO:0001505 GO:0006542 GO:0006807 GO:0006542 GO:0001505 GO:0006542 GO:0006807 GO:0006542
|
||||
10873 GO:0006090 GO:0006108 GO:0006108 GO:0006118 GO:0006800 GO:0009060 GO:0006508 GO:0007165 GO:0007186 GO:0007608 GO:0050896
|
||||
55743 GO:0006512 GO:0007049 GO:0007067 GO:0007093 GO:0051301
|
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2879 GO:0006118 GO:0006644 GO:0006979 GO:0007275
|
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10135 GO:0007165 GO:0007267 GO:0008284 GO:0019363 GO:0007165 GO:0007267 GO:0008284 GO:0019363
|
||||
2938 GO:0006749 GO:0008152 GO:0008152 GO:0006749 GO:0008152 GO:0008152
|
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4191 GO:0006096 GO:0006099 GO:0006108 GO:0006100 GO:0006096 GO:0006099 GO:0006108 GO:0006100
|
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109 GO:0006171 GO:0007242 GO:0007608 GO:0050896 GO:0009190 GO:0007165 GO:0006171 GO:0007242 GO:0007608 GO:0050896 GO:0009190 GO:0007165
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384 GO:0000050 GO:0006527 GO:0006809 GO:0006525 GO:0006527 GO:0000050 GO:0006527 GO:0006809 GO:0006525 GO:0006527
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|
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|
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|
||||
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||||
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223 GO:0006081 GO:0006118 GO:0008152 GO:0042136 GO:0042445
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|
||||
7167 GO:0006094 GO:0006096 GO:0006098 GO:0006633 GO:0008152 GO:0008610 GO:0006094 GO:0006096 GO:0006098 GO:0006633 GO:0008152 GO:0008610
|
||||
10714 GO:0000731 GO:0006298 GO:0006260
|
||||
79587 GO:0006423
|
||||
7994 GO:0006323 GO:0006334 GO:0006350 GO:0006355 GO:0016481 GO:0016568 GO:0016573 GO:0030099 GO:0045941 GO:0006323 GO:0006334 GO:0006350 GO:0006355 GO:0016481 GO:0016568 GO:0016573 GO:0030099 GO:0045941 GO:0006323 GO:0006334 GO:0006350 GO:0006355 GO:0016481 GO:0016568 GO:0016573 GO:0030099 GO:0045941
|
||||
8833 GO:0006164 GO:0006177 GO:0006541 GO:0009058 GO:0009113
|
||||
56474 GO:0006221 GO:0006541 GO:0008652 GO:0006220
|
||||
54981 GO:0019363
|
||||
159 GO:0006164 GO:0006167
|
||||
8566
|
||||
2947 GO:0008065 GO:0008152
|
||||
231 GO:0005975
|
||||
1892 GO:0006091 GO:0006629 GO:0006631 GO:0006635 GO:0008152
|
||||
47 GO:0006101 GO:0006200 GO:0008152 GO:0008610 GO:0015936 GO:0006101 GO:0006200 GO:0008152 GO:0008610 GO:0015936 GO:0006101 GO:0006200 GO:0008152 GO:0008610 GO:0015936
|
||||
2730 GO:0006534 GO:0006750
|
||||
1610 GO:0006118
|
||||
84172 GO:0006350
|
||||
5160 GO:0006084 GO:0006096 GO:0008152
|
||||
4258 GO:0007165 GO:0007267 GO:0019370 GO:0019735 GO:0006691 GO:0006691
|
||||
5162 GO:0006006 GO:0006096 GO:0006099 GO:0006006 GO:0006096 GO:0006099
|
||||
9446 GO:0008152
|
||||
54187 GO:0009103 GO:0016051
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